Eine zähe Angelegenheit. So liesse sich die Saison 1999/2000 wohl passend beschreiben.

GC Zürich verbrauchte in dieser Spielzeit drei Trainer. Roger Hegi startete in die Saison, Roy Hodgson übernahm für Hegi Anfang August. 

Auf Hodgson folgte im Juni 2000 dann Zaugg.

Die Hoppers beendeten die Meisterschaft in der Nationalliga A auf dem 4. Rang. 

Im Achtelfinale des Schweizer Cup, scheiterte man auswärts beim FC Basel im Elfmeterschiessen. Patrick Müller hiess der Unglücksrabe auf Seiten von GC Zürich.

Auf internationaler Bühne, im Uefa Cup, war für GC der Wettbewerb nach der 2.Runde vorbei. Slavia Prag gewann das Rückspiel 3:1, nachdem das Hinspiel noch mit einem 1:0 Heimsieg für GC Zürich endete.