Mit Trainer Krassimir Balakov und einigen, verheissungsvollen Transfers, startete GC Zürich in die Spielzeit 06/07.

Die Saison verlief jedoch nicht wunschgemäss, so dass Balakov Ende Mai von Carlos Bernegger abgelöst wurde.

In der heimischen Super League wurde man 6. in der Endabrechnung. 

Im Viertelfinale des Schweizer Cups, war nach einer 3:1 Niederlage gegen Luzern Ende. International qualifizierte man sich immerhin für die Gruppenphase des Uefa Cups, schied jedoch nach der Gruppenphase ohne Punkte aus. Die Gegner hiessen: AZ Alkmar, FC Sevilla, SC Braga und Slovan Liberec.